يتكون الهيكل التنظيمي لكلّية علم النفس الإسلامي من أربع مستويات إدارية:

مجلس أمناء كلية علم النفس الإسلامي:

وهو أعلى مرجعية في الكلّية ويضم عددًا من الأساتذة والمختصّين في المجال العلوم الشرعية وعلم النفس والعلوم التربوية والتعليمية والإدارية، ويقوم على إقرار الخطط الاستراتيجية والموافقة على خطط المناهج والأنظمة الداخلية.

عمادة الكلية:

يضم مكتب عمادة الكلية كلّاً من عميد الكلية المسؤول عن الإشراف العام والإدارة الأكاديمية والتنظيمية، ووضع الرؤية الإدارية والأكاديمية للكلية وتحقيقها، توجيه الأقسام والوحدات نحو تطوير البرامج الأكاديمية والبحث العلمي، العمل على توفير الموارد والدعم لتحقيق أهداف الكلية، وكذلك تمثيل الكلية أمام الجهات الخارجية وبناء الشراكات مع المؤسسات الأخرى، وتنسيق أنشطة الكلية وضمان الامتثال للمعايير الأكاديمية والإدارية.

ويسانده في مهامه لجنة استشارية ومدير العلاقات العامة وأعضاء من الهيئة التدريسية ولجان تخصصية يتم تشكيلها وفقاً لمتطلبات الكلّية.

الوحدات الأكاديمية والإدارية:

وهي الأقسام والإدارات التي تدير أعمال الكلية سواءً على الصعيد الأكاديمي أو الإداري، حيث تكون من مهام الوحدات الأكاديمية؛ تطوير المناهج والبرامج الأكاديمية وضمان جودتها، وإدارة العمليات الأكاديمية مثل التدريس والتقييمات والإشراف على الطلاب، ودعم البحث العلمي وتشجيع الأنشطة الأكاديمية.

كما تقوم الوحدات الإدارية بعدد من المهام منها: إدارة الشؤون المالية والموارد البشرية والبنية التحتية للكلية، وتوفير الدعم الإداري والتنظيمي لجميع أقسام الكلية، ومتابعة تنفيذ السياسات الإدارية وضمان الامتثال للقوانين والأنظمة الداخلية.

الأقسام التنفيذية:

تشكل الأقسام التنفيذية الوحدات الفرعية ضمن الأقسام الأكاديمية أو الإدارية للتعامل مع مهام محددة، ومن مهامها: تنفيذ السياسات والخطط التي تم وضعها من قبل العمادة أو الوحدات الأكاديمية والإدارية، وتنظيم وإدارة الأنشطة اليومية المتعلقة بالبرامج الأكاديمية أو العمل الإداري، وتقديم الدعم المباشر للأقسام والوحدات الأكاديمية والإدارية في تحقيق أهدافها وتنفيذ مهامها